海王星辰拥有的物流配送系统，在货物分拣、储存、运输、以及信息处理等各方面都有完善的专业标准。目前公司采用SAP ERP系统、中科巨龙电子标签辅助拣货系统及RF系统，支持业务的持续扩展以及有效控制运营成本、提高运营效率。全部商品在门店的陈列、销售、以及分类药品的登记管理都有完善的流程和措施。
海王星辰连锁药店已成为目前中国大陆直营门店数较多的药店连锁，目前拥有2000多家健康连锁药房，分布在全国70多个城市。在2006－2011年，海王星辰连续六年直营门店数名列前茅。 2012年，海王星辰实现了含税营业额人民币37.9亿。